对接通用的go注释 #44
Description
- 标准化
read.gaf和read.blast2go的输出为data.frame
我们现在有read.gaf和read.blast2go，两个函数的输出不太一致，改成都输出data.frame，两column名字和顺序固定下来，分别是Gene, GO，事实上这两种数据都应该有GO分支的信息，有的话，加第三个Column，Ontology，标准化为MF, CC和BP，像blast2go的输出有GO Domain就是这个信息。
当前read.gaf()有额外的输出，这一块分离出来。
- 支持data.frame为输入
那么标准化上面两函数之后，如果我们能支持data frame来分析的话，那这两函数的输出就能直接用了，以及可以让用户自己提供data.frame，能直接用。
这个只要衔接godata这个函数，让OrgDb支持输入一个data.frame就行了。里面调用的函数，调整一下。如此一来，GOSemSim就打通了，因为上面的东西，全部都基于godata()的输出。