|
|
|
|
|
Colloque : Utilisation des IA génératives comme appui à la programmation et au scripting pour la biologie
Le 13 juin 2025, sur le campus des Grands Moulins, 75013 Paris.
| Intervenant | Titre | Diaporama |
|---|---|---|
| Bertrand Cosson et Jacques van Helden | Introduction au colloque et aux ateliers pratiques | |
| David Janiszek | Outils IA pour le scripting et le codage : évolution et perspectives | |
| Guillaume Gautreau | Utilisation de grands modèles de langage génomique | |
| Pierre Poulain | Utilisation d’IA générative dans un processus pédagogique | |
| Nicolas Sabouret | Retour d’expérience sur l'utilisation de Github Copilot en cours de programmation | |
| Sandrine Caburet | Adaptation pédagogique d'un pipeline RNAseq par Devin | |
| David Janisek | Présentation de Pléïade | Démo en direct |
| Vincent Ranwez | Accélérer sans déraper : maîtriser son code à l’ère de l’IA |
Vidéos de la matinée: https://u-paris.zoom.us/rec/share/tF6DkEUbP_dZb6HatZm7HKqIRro42aUJmeiFmM4z44m99vmvpfGOswT7GXdpealJ.XAXhPRzQT2S0DjcO?startTime=1749798828000
3-1_acces-ressources-numeriques_atelier-IA-soft-biologie.pdf
- introduction aux ateliers pratiques
- accès aux ressources numériques utilisés pour la pratique
- présentation des deux ateliers
- Enoncé de l'exercice (en anglais)
- Jeu de données de test : profils transcriptomiques montrant des fluctuations périodiques durant le cycle cellulaire de la levure
- Dialogue avec l'IA générative
- R markdown pour exécuter les étapes du dialogue avec l'IA générative
- Script R obtenu à la fin de la session pratique
| Ressource | Description | URL |
|---|---|---|
| Programme et inscriptions | Sur Sciencesconf | https://iabioscripting.sciencesconf.org/ |
| Site Web | Support du colloque (sur github pages) | https://ifb-elixirfr.github.io/AI-for-scripting-bioanalysis/ |
| Plateforme numérique Pléiade | IA génératives utilisées pour les ateliers pratiques de l'après-midi | https://pleiade.mi.parisdescartes.fr/ |
| Cluster IFB-core | Environnement OnDemand (RStudio, JupyterHub) à disposition des participants pour les ateliers pratiques | https://ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr/ |
| Cluster IFB-core | demande de compte ou d'espaces-projets ; des comptes temporaires seront fournis pour les ateliers pratiques, ce lien est utile uniquement si vous désirez continuer à utiliser le cluster après le colloque | https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/ |
Le colloque est organisé et financé par les trois organisations suivantes :
- Institut Français de Bioinformatique (IFB)
- Université Paris Cité (plateforme iPOP-UP et DU omiques)
- Réseau métier en bioinformatique (MERIT)
L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) a été fondé par les Programme d'Investissements d'Avenir subventionné par l'Agence Nationale de la Recherche (RENABI-IFB, ANR-11-INBS-0013) et par le programme France 2030 relatifs aux équipements structurants pour la recherche / EQUIPEX+ (MUDIS4LS, ANR-21-ESRE-0048).
- Bertrand Cosson (Université Paris-Cité)
- Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique, Aix-Marseille Université)
- Vincent Lefort (réseau MERIT)
- Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
- Thomas Denecker (Institut Français de Bioinformatique)
- Jacques van Helden (Institut Français de Bioinformatique, Aix-Marseille Université)
- Vincent Ranwez (Institut Agro Montpellier)
- Fanny Casse (Université Paris-Cité)
- Gaëlle Lelandais (Université Paris-Sud)
- Pierre Poulain (Université Paris-Cité)
- Thomas Denecker (Institut Français de Bioinformatique)
- Imane Messak (Institut Français de Bioinformatique)
- Baptiste Rousseau (Institut Français de Bioinformatique)
Maintained by Jacques van Helden
