mol_frag_test.sh: added --view and --big

Author: UnixJunkie

mol_frag_test.sh

@@ -1,23 +1,38 @@
 #!/bin/bash
 
-set -x #DEBUG
+# set -x #DEBUG
 
-# clean
-rm -f data/3.to_frag data/3_frags.txt data/3_frags.smi data/3_genmols.txt data/3_genmols.smi
-# regen
-./bin/molenc_frag.py -i data/3.smi -o data/3.to_frag
-(which mview > /dev/null) && mview data/3.smi &
-./molenc_frag -im data/3.to_frag -of data/3_frags.txt -s 1234
-./bin/molenc_frag2smi.py -i data/3_frags.txt -o data/3_frags.smi
-(which mview > /dev/null) && mview data/3_frags.smi &
-./molenc_frag -if data/3_frags.txt -om data/3_genmols.txt -s 1234 -n 20
-./bin/molenc_mol2smi.py -i data/3_genmols.txt -o data/3_genmols.smi
-cut -f1 data/3_genmols.smi | sort -u > data/3_genmols_uniq.smi
-(which mview > /dev/null) && mview data/3_genmols_uniq.smi &
+# --view --> call mview on .smi files
+MVIEW=""
+if [ "$1" == "--view" ] || [ "$2" == "--view" ]; then
+    MVIEW="1"
+fi
 
-# IN=data/chembl_antivirals
-# ./bin/molenc_frag.py -i $IN.smi -o $IN.to_frag --draw
-# ./molenc_frag -im $IN.to_frag -of $IN.frags -s 1234
-# ./bin/molenc_frag2smi.py -i $IN.frags -o $IN.frags.smi
-# ./molenc_frag -if $IN.frags -om $IN.mols -s 1234 -n 50
-# ./bin/molenc_mol2smi.py -i $IN.mols -o $IN.mols.smi
+# --big --> work on the "big" dataset
+BIG=""
+if [ "$1" == "--big" ] || [ "$2" == "--big" ]; then
+    BIG="1"
+fi
+
+if [ "$BIG" == "" ]; then
+    # clean
+    rm -f data/3.to_frag data/3_frags.txt data/3_frags.smi \
+       data/3_genmols.txt data/3_genmols.smi
+    # regen
+    ./bin/molenc_frag.py -i data/3.smi -o data/3.to_frag
+    [ "$MVIEW" == "1" ] && mview data/3.smi &
+    ./molenc_frag -im data/3.to_frag -of data/3_frags.txt -s 1234
+    ./bin/molenc_frag2smi.py -i data/3_frags.txt -o data/3_frags.smi
+    [ "$MVIEW" == "1" ] && mview data/3_frags.smi &
+    ./molenc_frag -if data/3_frags.txt -om data/3_genmols.txt -s 1234 -n 20
+    ./bin/molenc_mol2smi.py -i data/3_genmols.txt -o data/3_genmols.smi
+    cut -f1 data/3_genmols.smi | sort -u > data/3_genmols_uniq.smi
+    [ "$MVIEW" == "1" ] && mview data/3_genmols_uniq.smi &
+else
+    IN=data/chembl_antivirals
+    ./bin/molenc_frag.py -i $IN.smi -o $IN.to_frag --draw
+    ./molenc_frag -im $IN.to_frag -of $IN.frags -s 1234
+    ./bin/molenc_frag2smi.py -i $IN.frags -o $IN.frags.smi
+    ./molenc_frag -if $IN.frags -om $IN.mols -s 1234 -n 50
+    ./bin/molenc_mol2smi.py -i $IN.mols -o $IN.mols.smi
+fi