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sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1718 +JN.1.16.4 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1702 +MT.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1702 +JN.1.16.5 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +LZ.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 +MA.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1761 +MA.1.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1761 +MN.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1685 +MS.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1692 +JN.1.48.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +ME.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1657 +JN.1.59.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1771 +JN.1.63 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1513 +JN.1.63.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1513 +JN.1.67.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 +MP.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1782 +MP.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1782 JH.2 #2068 -XDK.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1490 -XDK.1.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1407 -XDK.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1385 -XDK.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1511 -XDK.4.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1467 -XDK.6 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1572 -XDP.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1432 -XDQ.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1523 -XDQ.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1408 -XDQ.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1508 -XDR.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1542 -XDZ sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1356 -XEB sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1290 +XDR.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1795 +XDV.1.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1820 +XDV.1.2 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1617 +XDV.1.2.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1617 +XDV.1.3 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1597 +XDV.1.5 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1840 +XDV.1.10 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1849 +XEC.1 sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1869 diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index e16eef49..39d57230 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1060,7 +1060,7 @@ JN.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5, S:R346T on C9142T branch, from #2492 KR.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1, S:F456L (22928C), after C28498T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KR.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.1, S:F59L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1545 KR.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.2, S:R683Q -KR.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.3, S:K304Q, S:S60P, Philippines +KR.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.3, S:K304Q, S:S60P, Philippines, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1676 KR.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.1.4, S:F59S KR.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.3, S:F456L (22930A), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KR.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.1.5.4, S:Q218E @@ -1109,13 +1109,13 @@ JN.1.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.4, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-var JN.1.7.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5, ORF1a:H3395Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1374 LK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.1, S:445P, ORF1a:R1170C, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1374 LK.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.2, S:R346T -LK.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.2.1, S:S455A, S:T547K, Central America +LK.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.5.2.1, S:S455A, S:T547K, Central America, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1679 JN.1.7.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.6, S:S60P, ORF1a:P1609S, Wales JN.1.7.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.7, ORF1b:K2557R JN.1.7.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.8, S:F456L (22930A), S:185-189del, N:365L, Central America MQ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.8.1, S:T95I, S:R346T, from #2710 -MQ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.8.2, S:T678I -JN.1.7.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.9, G347A, C1057T, C7834T, S:F456L (22930A) +MQ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.8.2, S:T678I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1822 +JN.1.7.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.7.9, G347A, C1057T, C7834T, S:F456L (22930A), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8, ORF7a:T28I JN.1.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.1, S:T572I, after A12928G, USA/Denmark, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 JN.1.8.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.8.2, S:R346T, after A12928G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1129,8 +1129,8 @@ LB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-varia LB.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.1, S:V1104L, Canada LB.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2, ORF1b:G2068R LB.1.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.1, S:R190T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1559 -LB.1.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.2, S:T572I, C22075T -LB.1.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.3, S:F175L, ORF1a:I1568F +LB.1.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.2, S:T572I, C22075T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1792 +LB.1.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.2.3, S:F175L, ORF1a:I1568F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1730 LB.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3, ORF1b:T1555I LB.1.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1, S:445P, N:T379I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1620 NL.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.1.1, S:R190S, S:C1243F @@ -1140,35 +1140,35 @@ LB.1.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.3.3, S:K182R, from #2723 LB.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4, ORF1a:A1473V LB.1.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4.1, S:R190S LB.1.4.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4.2, S:A879S, ORF1a:E472D, USA -LB.1.4.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4.3, S:A845S, USA +LB.1.4.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.4.3, S:A845S, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1911 LB.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.5, S:L1143F, ORF1b:T1621I, Asia，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1557 LB.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.6, S:I670M, England/Canada LB.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7, ORF1a:L1507F, G21123T -LB.1.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7.1, S:N148T, USA-NY +LB.1.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7.1, S:N148T, USA-NY, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1641 LB.1.7.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7.2, S:S680P -LB.1.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7.3, S:R34C +LB.1.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.7.3, S:R34C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1555 LB.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.8, ORF1a:I785V -LB.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.9, S:K478T (reversion), G20931T, T29194C, C15960T, India，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1874 +LB.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.9.2.1.9, S:K478T (reversion), G20931T, T29194C, C15960T, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1874 JN.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.10, S:T95I, USA/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1135 JN.1.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11, S:V1104L, G17334T, India, from #2446 JN.1.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1, S:F456L (T22928C), after ORF1a:T2283I, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 KP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1, S:K1086R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1364 KP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 KP.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1, S:K182N, after ORF1b:L2213F, from #2510 -MG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1.1, S:T572I, S:679N, ORF1a:V3091I +MG.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.1.1, S:T572I, S:679N, ORF1a:V3091I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1623 KP.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.2, S:P1162S, T2152C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1541 KP.1.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3, C4999T, many with S:S31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 LP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1, S:M1229I,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1591 LP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.1, S:S255F, Dominican Republic, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1633 -LP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.2, S:R190S, T18300A, USA +LP.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.1.2, S:R190S, T18300A, USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1664 LP.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.2, S:S71Y, ORF1b:T2286I LP.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.3, S:K182E, ORF1b:R276S, Singapore -LP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.4, S:T572I, ORF8:A65V +LP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.4, S:T572I, ORF8:A65V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1607 LP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.5, S:K478T (rev) LP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.6, S:M153I, C14403T LP.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.7, S:R190S LP.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.3.8, S:H445R, S:Q493E, S:F186L, ORF3a:P178L, Singapore/Philippines, from #2811 -KP.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.4, S:R214H, C11866T, C23929T,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1593 +KP.1.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.4, S:R214H, C11866T, C23929T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1593 KP.1.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5, S:F59S MU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.1, S:T572I, ORF1a:P4339T, ORF1b:T1902I，from #2676 MU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.1.1.5.2, ORF1a:A2785V, ORF1a:A4357V @@ -1187,11 +1187,11 @@ KP.2.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.2.2, S:T572I KP.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3, S:H146Q, ORF3a:K67N, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1459 KP.2.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.1, S:A475V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1548 KP.2.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.2, S:G184V -KP.2.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.3, S:N185T +KP.2.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.3, S:N185T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1618 KP.2.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4, S:445P, A15759G, C27804T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1596 +KP.2.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.5, S:K535T, A1087G, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1645 +KP.2.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.6, S:T572I on a C28714T branch, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1582 NM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.4.1, S:G184V, S:S155I -KP.2.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.5, S:K535T, A1087G -KP.2.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.6, S:T572I on a C28714T branch KP.2.3.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.7, ORF1a:T2121A MW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.7.1, S:Q239R, ORF1a:I785V, ORF6:L16I KP.2.3.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.3.8, S:T572, without C28714T @@ -1219,10 +1219,10 @@ KP.2.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.17, S:G35R, C23758T, C7765T, T14418C, KP.2.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.18, S:T22N, on T22795G branch KP.2.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.19, S:S31del, ORF1a:V28I, Guatemala, from #2720 KP.2.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.20, ORF1b:D436N, Asia -KP.2.20.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.20.1, S:T572I, S:K1266R, Australia -KP.2.22 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.22, S:S31del, ORF1a:V3718F -KP.2.23 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.23, S:S31del, ORF3a:A110S, ORF8:G77S -KP.2.24 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.24, S:S31del, C9286T, C14919T +KP.2.20.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.20.1, S:T572I, S:K1266R, Australia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1723 +KP.2.22 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.22, S:S31del, ORF1a:V3718F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 +KP.2.23 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.23, S:S31del, ORF3a:A110S, ORF8:G77S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 +KP.2.24 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.24, S:S31del, C9286T, C14919T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1502 KP.2.25 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25, ORF1a:P1803L, C14220T KP.2.25.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.1, S:I934V, S:N30K, China KP.2.25.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.2.25.2, S:K558N @@ -1234,24 +1234,24 @@ KP.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1, G15372T, A19722G KP.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1, ORF1a:S4286C, C12616T, S:S31del, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1563 MC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1638 MC.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.1.1, S:A942S, C13297T, C14220T -MC.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2, S:A845S -MC.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2.1, S:R237K -MC.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.3, S:G72R, Spain -MC.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.4, S:S98F, Spain -MC.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.5, S:G1219C, Spain，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1790 +MC.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2, S:A845S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1707 +MC.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.2.1, S:R237K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1707 +MC.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.3, S:G72R, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1733 +MC.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.4, S:S98F, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1772 +MC.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.5, S:G1219C, Spain, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1790 MC.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.6, ORF1a:P769S, ORF1a:G2091S -MC.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.7, S:A397V，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1695 -MC.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8, C9803T，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1779 -MC.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8.1, S:T572I，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1779 -MC.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.9, ORF3a:K75N, ORF1b:A1219S，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1788 +MC.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.7, S:A397V, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1695 +MC.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8, C9803T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1779 +MC.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.8.1, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1779 +MC.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.9, ORF3a:K75N, ORF1b:A1219S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1788 MC.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10, C16332T MC.10.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.10.1, S:A435S MC.11 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.11, C17430T -MC.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.11.1, S:S256L, Europe，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1857 -MC.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.12, S:G72E，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1865 +MC.11.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.11.1, S:S256L, Europe, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1857 +MC.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.12, S:G72E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1865 MC.13 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.13, C10681T MC.13.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.13.1, S:S254F, USA -MC.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.14, S:T259R，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1815 +MC.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.14, S:T259R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1815 MC.15 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.15, S:K182R MC.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.16, G2890A MC.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.17, S:A575S, C5512T @@ -1259,15 +1259,15 @@ MC.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.1.18, S:N185D, ORF1a:G465S, Spain/Can KP.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.2, S:S151I，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1589 KP.3.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.3, S:S31F,from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1576 KP.3.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4, ORF1b:P1675S,from #2627 -MM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.1, S:S680P, Europe -MM.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.2, S:G35R, S:N185D +MM.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.1, S:S680P, Europe, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1624 +MM.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.4.2, S:G35R, S:N185D, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1716 KP.3.1.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.5, S:N556K, ORF1a:Q998H, ORF3a:I186V, England, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1614 KP.3.1.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6, T19305C -MK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.1, S:S31F, UK -MK.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.2, S:D745G, after E:L21F -MK.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.3, S:R346T, S:H445R +MK.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.1, S:S31F, UK, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1605 +MK.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.2, S:D745G, after E:L21F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1606 +MK.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.6.3, S:R346T, S:H445R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1655 KP.3.1.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.7, S:L84I, from #2709 -KP.3.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.8, S:F59S, A9235G, Georgia +KP.3.1.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.8, S:F59S, A9235G, Georgia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1615 MY.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.8.1, S:P174S, ORF3a:T64I, Georgia KP.3.1.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.9, S:N148S, S:P174S KP.3.1.10 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.1.10, S:N185D, ORF1a:V3917I @@ -1276,23 +1276,23 @@ KP.3.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.1, S:A263V, Australia/Singapore, f KP.3.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.2, S:W258R KP.3.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3, ORF3a:S40P, C11518T LW.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1, S:K182E, England -LW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1.1, S:T33I，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1776 +LW.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1.1, S:T33I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1776 LW.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.3.1.1, S:T22N KP.3.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.4, ORF3a:L73F KP.3.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.5, S:V62F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1604 KP.3.2.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.2.6, S:S31P, G11761A, G25617A, Asia KP.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3, N:R204P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1531 KP.3.3.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.1, S:T547K, ORF3a:F87S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1651 -KP.3.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.2, S:A435S, ORF1a:N4134T, England/Canada +KP.3.3.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.2, S:A435S, ORF1a:N4134T, England/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1673 KP.3.3.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3, G9424T, Japan/Canada -ML.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3.1, S:681H +ML.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3.1, S:681H, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1683 ML.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.3.2, S:Q677H, USA KP.3.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.4, ORF1a:I1367L, from #2707 MR.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.3.4.1, S:S31del, ORF1a:V1236I, from #2704 KP.3.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4, ORF3a:L73F, C25521T, Asia -KP.3.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4.1, S:S31F, N:A134V, ORF1a:E1192K -KP.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.5, S:G213E, most with C1420T, America -KP.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.6, S:T22N, Canada，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1748 +KP.3.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.4.1, S:S31F, N:A134V, ORF1a:E1192K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1576 +KP.3.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.5, S:G213E, most with C1420T, America, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1630 +KP.3.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.6, S:T22N, Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1748 KP.3.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.3.7, S:A435S, ORF8:E59* KP.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4, C6070T, India KP.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.1, S:R346T, C19884T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1306,7 +1306,7 @@ KP.4.2.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.3, S:G35R, ORF1a:G519S, ORF1a:I222 KP.4.2.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.4, S:S31-, S:S256L, from #2759 KP.4.2.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.4.2.5, S:S60P, S:I212T KP.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.5, S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1097 -KP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.6, S:R346I +KP.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.1.6, S:R346I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1682 JN.1.11.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2, S:R346T, S:F59L, India NJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.11.2.1, S:F456L, S:K478T (rev), ORF3a:K16N, India JN.1.12 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.12, S:F456V, ORF7a:A8T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 @@ -1318,16 +1318,16 @@ KS.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.1, Orf1a:T609I (C2091T), Orf1a:N47 NC.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.1.1, S:R190S KS.1.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.1.2, ORF1a:L2146F, C19716T KS.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.2, S:T678I, Russia -KS.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.3, S:V642A, Dominican Republic -KS.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.4, C22414T, S:R237K +KS.1.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.3, S:V642A, Dominican Republic, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1535 +KS.1.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.13.1.1.4, C22414T, S:R237K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1752 JN.1.14 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.14, S:R346S, after C26894T, C25680T, USA JN.1.15 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15, S:A688V JN.1.15.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1, S:F456L, ORF3a:R122S, Ecuador, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 LU.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.1, S:R346T, after C19269T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LU.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2, S:R346T, after T20865C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1652 -LU.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.1, S:L176F, Ecuador -LU.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.1.1, S:S60P, S:K182N, ORF1a:L204F, ORF1a:T1854I, Ecuador -LU.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.2, S:Q677P, ORF1a:T1000I, Ecuador +LU.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.1, S:L176F, Ecuador, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1751 +LU.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.1.1, S:S60P, S:K182N, ORF1a:L204F, ORF1a:T1854I, Ecuador, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1751 +LU.2.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.15.1.2.2, S:Q677P, ORF1a:T1000I, Ecuador, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1830 JN.1.16 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16, S:F456L (T22928C), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.16.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LF.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.1, ORF1a:A1268T, ORF1a:S2103F @@ -1340,7 +1340,7 @@ LF.3.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.1, S:L1143F, USA-CO, from sars-cov LF.3.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.3.1.2, S:D745A, South America LF.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4, N:R385K, ORF1a:T4368I LF.4.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.4.1, S:31del, ORF1a:G519S, ORF8:Q29*, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1590 -LF.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.5, S:T33A, S:N185D, C28660T +LF.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.5, S:T33A, S:N185D, C28660T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1627 LF.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.6, T3172G, T17859C, Portugal/Spain, from #2589 LF.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7, S:T22N, S:S31P, S:K182R, S:R190S, S:K444R, ORF9b:I5T, Senegal, from #2733 LF.7.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.1, C6310T @@ -1350,22 +1350,22 @@ LF.7.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.2, T20799C LF.7.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.2.1, S:A475V LF.7.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.3, C17436T LF.7.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.7.4, S:T961M, G25494A -LF.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8, S:M153I, C3244T, A18432T, C27110T -LF.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1, S:S31F -LF.8.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1, S:T22N +LF.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8, S:M153I, C3244T, A18432T, C27110T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 +LF.8.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1, S:S31F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 +LF.8.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1, S:T22N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1863 ND.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.1, ORF1a:L4391F ND.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.1.1, S:K478T ND.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.2, S:K478E ND.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.8.1.1.3, S:K478I -LF.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9, S:S60P -LF.9.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9.1, S:N185D +LF.9 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9, S:S60P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1718 +LF.9.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.1.9.1, S:N185D, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1718 JN.1.16.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2, C4777T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 LA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.1, S:R346T, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 LA.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.2.2, S:R346I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.16.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.3, S:T572I -JN.1.16.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.4, S:Q493E, ORF1a:G400S, ORF7a:F59K, East Asia -MT.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.4.1, S:S31P, N:P279S -JN.1.16.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.5, S:T22N, S:Q493E,from #2706 +JN.1.16.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.4, S:Q493E, ORF1a:G400S, ORF7a:F59K, East Asia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1702 +MT.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.4.1, S:S31P, N:P279S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1702 +JN.1.16.5 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.5, S:T22N, S:Q493E, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 NF.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.16.5.1, S:S31P JN.1.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.17, S:A222V, USA JN.1.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18, S:R346T, directly on JN.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 @@ -1377,14 +1377,14 @@ LQ.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.1.3, ORF1a:T1761I, Russia JN.1.18.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2, S:F59S, after C4331T, T22321C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441 LZ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1, S:F456L (T22930A), N:A152T, ORF1a:I740V from #2654 LZ.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.1.1, S:P217S, S:N1125S from #2654 -LZ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2, S:F456L (T22928C), ORF1a:K1226E, China +LZ.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2, S:F456L (T22928C), ORF1a:K1226E, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 LZ.2.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1, ORF10:Q29* LZ.2.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.1, S:K478E LZ.2.1.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2.2.1.2, S:K478T (rev) JN.1.18.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3, S:F456V (T22928G), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 MA.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1, S:R190S, S:31del, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1635 -MA.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1.1, S:E780A -MA.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1.1.1, S:H445P +MA.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1.1, S:E780A, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1761 +MA.1.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3.1.1.1, S:H445P, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1761 JN.1.18.4 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4, S:F456L (T22930G), ORF6:I60T, T23036C, Ghana from #2567 LH.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4.1, S:K182I from #2567 LH.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.4.2, S:I197V, S:P251H from #2567 @@ -1394,7 +1394,7 @@ JN.1.18.6 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.6, S:F456L (T22928C), S:F59S from #2623 LY.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.6.1, S:F65Y, S:Q183P from #2623 LY.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.6.2, S:Q183H, C2143T JN.1.18.7 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.7, S:T22N, S:F59S, S:D1260Y from #2623 -MN.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.7.1, S:D80Y, S:P174S, S:S689N, England/Wales +MN.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.7.1, S:D80Y, S:P174S, S:S689N, England/Wales, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1685 JN.1.18.8 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.8, S:S31del, ORF1a:A690V, ORF1b:S2339F, France JN.1.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.19, ORF8:I71V JN.1.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.20, S:S31F, directly on JN.1 polytomy @@ -1444,7 +1444,7 @@ JN.1.41 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.41, S:S1252F, on A29086T, USA, from sars-cov JN.1.42 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42, C5581A, South America JN.1.42.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.1, S:F59S, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1474 JN.1.42.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.2, S:R346T, Peru from #2494 -MS.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.2.1, S:31del, ORF1a:E940G, USA/Guatemala +MS.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.42.2.1, S:31del, ORF1a:E940G, USA/Guatemala, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1692 JN.1.43 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43, A25237G JN.1.43.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.43.1, C19488T, C29218T, Brazil JN.1.44 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.44, ORF6:P57L, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#987 @@ -1459,7 +1459,7 @@ JN.1.48.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1, S:S60P, S:R346T, S:F456L (T22928C), LD.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.1, S:T572I from #2547 LD.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.1.2, S:N185D, ORF1a:E637K, ORF1b:T2099I, N:T166I JN.1.48.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.2, S:R346T, ORF1a:A427V, A3829G, India, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 -JN.1.48.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.3, S:60P, S:R346T, S:F456L, ORF3a:S60F, ORF1a:T1761I, on T3913A, C8092T branch, South Africa +JN.1.48.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.48.3, S:60P, S:R346T, S:F456L, ORF3a:S60F, ORF1a:T1761I, on T3913A, C8092T branch, South Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 JN.1.49 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49, ORF3a:T89I, India JN.1.49.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1, S:R346T MB.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.1.1, S:F456V (T22928G), S:S31F @@ -1476,7 +1476,7 @@ JN.1.49.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.49.3, T18471C, China JN.1.50 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50, S:A67V, S:L249F, S:H445P, S:F456L (T22930G), Europe from #2587 JN.1.50.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50.1, S:R346T from #2587 JN.1.50.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50.2, ORF1a:N1540S (A4884G, T4885C) -ME.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50.2.1, S:R346K +ME.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.50.2.1, S:R346K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1657 JN.1.51 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.51, C4795T JN.1.51.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.51.1, S:F456L LJ.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.51.1.1, S:T22N @@ -1502,12 +1502,12 @@ LR.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.58.2.2, S:F456V LR.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.58.2.3, S:F456L (22930A), USA/Puerto Rico JN.1.58.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.58.3, S:S31F JN.1.59 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.59, ORF1a:A1204S -JN.1.59.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.59.1, S:S31del, S:R190S, S:R346T, ORF1a:I841V, Americas +JN.1.59.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.59.1, S:S31del, S:R190S, S:R346T, ORF1a:I841V, Americas, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1771 JN.1.60 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.60, C4543T JN.1.61 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.61, S:K444R, Brazil JN.1.62 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.62, S:F456L (22928C), S:V62F, S:R681H, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1253 -JN.1.63 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63, ORF1b:K82R -JN.1.63.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63.1, ORF1a:D1513E, ORF1a:A2529S, Asia +JN.1.63 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63, ORF1b:K82R, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1513 +JN.1.63.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.63.1, ORF1a:D1513E, ORF1a:A2529S, Asia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1513 JN.1.64 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64, ORF1a:N2147S (A6705G) from #2560 JN.1.64.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1, S:R346T from #2560 MD.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.64.1.1, S:F456L (T22930A) from #2560 @@ -1573,8 +1573,8 @@ BA.2.86.6 Alias of B.1.1.529.2.86.6, C9226T LV.1 Alias of B.1.1.529.2.86.6.1, ORF1b:D294N LV.2 Alias of B.1.1.529.2.86.6.2, S:R346T, S:L455S, S:F456L, ORF1a:E148G, ORF1a:W630C, ORF1a:G1069R, ORF1a:G3546D, ORF1b:A520V BA.2.86.7 Alias of B.1.1.529.2.86.7, ORF1b:Y1344H, T10819C, C28720T, South Africa -MP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.7.1, S:N487D, Southern Africa -MP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.7.1.1, S:R346T, S:A348P, Southern Africa +MP.1 Alias of B.1.1.529.2.86.7.1, S:N487D, Southern Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1782 +MP.1.1 Alias of B.1.1.529.2.86.7.1.1, S:R346T, S:A348P, Southern Africa, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1782 BA.2.87 Alias of B.1.1.529.2.87, C18744T, no C9866T BA.2.87.1 Alias of B.1.1.529.2.87.1, saltation with 15+ spike AA mutations, South Africa, from #2484 BA.3 Alias of B.1.1.529.3, from #367 @@ -2036,7 +2036,7 @@ FB.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.1 S:D253G, Singapore/Taiwan/Japan, fro FB.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.1.2 S:478R, USA/South Korea/Mongolia BQ.1.2.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2, S:K147E, S:R346T, S:V445A, West Africa, from #1861 JH.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.1, S:K182E, S:486A, S:S494P, S:E554K, from #2068 -JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 +JH.2 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.2.2, S:A484K, S:V486A, USA/Canada/Finland, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#650, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068, from #2068 BQ.1.2.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.2.3, E:V24L, Canada BQ.1.3 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3, found globally, defined by S:E619Q, from #1082 BQ.1.3.1 Alias of B.1.1.529.5.3.1.1.1.1.1.3.1, C2509T, Spain @@ -4298,19 +4298,19 @@ XDQ.2 S:N487D, Vietnam, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1408 XDQ.3 S:681H, Indonesia, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1508 XDR Recombinant lineage of JD.1.1.1 and JN.1.1 (breakpoint between 11043 and 11726), Brazil, from #2477 XDR.1 S:F59S, G6077T, A14031G, C26801T, Brazil/Peru, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1542 -XDR.1.1 S:F456L, ORF1a:A2142V, ORF1b:A2480D, ORF8:E92K，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1795 +XDR.1.1 S:F456L, ORF1a:A2142V, ORF1b:A2480D, ORF8:E92K, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1795 XDR.1.2 ORF1a:L3754F, ORF1b:L1890F XDS Recombinant lineage of EG.5.1.3, JN.3.2.1, EG.5.1.3 (breakpoints at 8294-8392 and 26834-27506), from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1267 XDT Recombinant lineage of BA.2.86.4, GK.1 (breakpoint between 23673-24378), Ireland/UK, from #2485 XDU Recombinant lineage of BA.2.86.1, XBB.1.16 (breakpoint between 11957-12729), Japan, from #2502 XDV Recombinant lineage of XDE, JN.1, XDE, JN.1 (breakpoints between 19327-21608, 27916-28296, 28959-29534), USA/China, from #2402 XDV.1 S:F456L (T22930A), on C11572T branch, Hong Kong -XDV.1.1 S:S60P, T4579A, T9208G, China，from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1820 -XDV.1.2 S:R346T, N:I292T, ORF1a:L3116F, China -XDV.1.2.1 S:K462R, ORF1a:L3829F -XDV.1.3 S:T572I +XDV.1.1 S:S60P, T4579A, T9208G, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1820 +XDV.1.2 S:R346T, N:I292T, ORF1a:L3116F, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1617 +XDV.1.2.1 S:K462R, ORF1a:L3829F, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1617 +XDV.1.3 S:T572I, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1597 XDV.1.4 S:I1114T -XDV.1.5 S:G184S, S:K478I, China +XDV.1.5 S:G184S, S:K478I, China, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1840 XDV.1.5.1 ORF1a:H1141Y, ORF1a:A1473V, ORF3a:R134H, China NB.1 Alias of XDV.1.5.1.1, S:T22N, S:F59S, ORF1a:I2709V, ORF1a:P4197S, China XDV.1.6 S:K478T, S:A263T, ORF1a:V1783I, ORF1a:E1209D @@ -4327,7 +4327,7 @@ XDZ Recombinant lineage of JG.3 and JN.1.1.10 (breakpoint between 11043-12788), XEA Recombinant lineage of JN.1.63.1 and EG.5 (breakpoint between 27057-27915), East Asia XEB Recombinant lineage of FL.15, JN.1.4+T18453C, FL.15 (breakpoints at 774-896 and 26834-27809), USA, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1290 XEC Recombinant lineage of KS.1.1 (JN.1.13.1.1.1) and KP.3.3 (breakpoint 21738-22599), Europe (Germany), from #2717 -XEC.1 S:K182R, ORF1a:L4182F, on ORF1a:A599T branch, France/Ireland/Canada +XEC.1 S:K182R, ORF1a:L4182F, on ORF1a:A599T branch, France/Ireland/Canada, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1869 XEC.2 ORF1a:I1367L, lacking ORF1a:A599T XED Recombinant lineage of JN.1.4 and LF.1.1.1 (breakpoint 19210-21652), from #2691 XEE Recombinant lineage of KP.2.3.7 and JN.1* (breakpoint 24873-25592), from #2721